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　　一般講的微生物肥料，其實是一種菌劑，是一類微生物群體。這類微生物菌劑能夠提供一種或多種對作物生長有益的微生物群落。由于農業上應用的微生物菌劑常常和草炭、泥炭、有機肥料等有機質含量較高的基質混合在一起，所以習慣上把微生物菌劑稱為微生物肥料，人們俗稱為“菌肥”。

　　微生物肥料的作用機理根本不同于化學肥料。能夠提供一種微生物群落的叫“單一微生物肥料”或“專一微生物菌劑（肥料）”；能夠提供兩種以上多種微生物群落的叫“復合微生物菌劑（肥料）”。根據微生物的作用劃分，可以將微生物菌劑劃分為“固氮細菌（菌劑）”、“解磷細菌（菌劑）”、“解鉀細菌（菌劑）”、“腐解細菌（菌劑）”等。這些微生物菌劑都可以選擇性地為農業生產服務。

　　微生物肥料的作用主要是提供對作物生長有益的“微生物群落”，而不是“營養元素”。這些有益的微生物施到土壤中后，能產生各種不同作用。例如：以固氮細菌為主的微生物肥料能通過細菌的活動，固定空氣中的氮元素，供作物生長時吸收利用——即“固氮”作用；以解磷細菌為主的微生物肥料則通過細菌的活動，分解土壤中部分不能被作物吸收的磷元素，使磷從土壤中分解出來，供作物生長時吸收利用——即“解磷”作用；以解鉀細菌為主的微生物肥料主要作用是，通過細菌的活動，分解土壤中部分不能被作物吸收的鉀元素，使鉀從土壤中分解出來，供作物生長時吸收利用——即“解鉀”作用。同時，微生物在土壤中的生活、活動，可產生很多代謝產物或分泌物，這些分泌物對作物的生長有刺激作用。

　　總的來講，微生物菌肥的作用就是細菌的固定、分解、分泌作用，影響到土壤中的營養養分的變化。土壤中營養養分變化了，生長在土壤中的作物的生長情況當然也要變化。所以，微生物的作用是“作用”于土壤中、“反應”在作物上。如果土壤養分太低，微生物肥料（菌劑）也無回天之力，還得加施有機肥或化肥。