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生物有機肥料的特殊作用是依靠具有特殊功能微生物菌種的“特殊功能”來實現的，而這種特殊功能主要表現在以下幾個方面：促進植物生長、提高植物防病抗病能力、提高肥料利用率、提高植物抗旱、修復土壤、降解農藥等。

一、促進植物生長作用主要是通過功能菌在植物根部定植、生活并發揮作用。這種作用是通過功能菌產生促進植物生長的物質體現的，有別于在生物有機肥料中添加激素的作用。

二、提高植物防病抗病能力，也就是生物防治作用。這類菌種作用于病原菌的方式主要有三種：1.拮抗作用。產生拮抗物質直接抑制病原菌生長。2.競爭作用。從營養吸收利用等方面抑制病原菌生長，一般情況下這種菌種生長速度很快。3.寄生作用。以病原菌為寄生，直接寄生在病原菌身上導致病原死亡。這三種抗病防病作用方式常常是交叉的。

三、提高肥料利用率在目前生物有機肥市場中被宣傳得較多，主要有固氮、解鉀、活磷等作用。固氮作用主要有三類：1.共生固氮。以根瘤菌為主，菌種寄主有專一性，固氮能力很強，主要在豆科植物上共生固氮。但是由于這一類菌種均為革蘭氏陰性細菌，不利于保存，作為產品進行貨架銷售比較困難，所以一般是拿到菌種即拌種使用。2.自生固氮作用。菌種在田間表現為不固氮或固氮能力很小。3.聯合固氮。菌種相對專一，能力較強。

四、保水抗旱、土壤修復、降解農藥等功能。對這類生物有機肥功能的宣傳比較少，主要因為經銷商和農民對這方面功能的關注度比較低，生產商通過宣傳這類功能來吸引消費者的可能性較小，所以市場上不多見。

通過以上分析可以看出，生物有機肥的特殊功能主要集中在三方面：促進植物生長、提高植物防病抗病能力、提高肥料利用率。