合理施用化肥促進農業增產已成為人們的共識。但是，如果化肥施用過量，不僅會危害作物、浪費資源，而且還會嚴重污染土壤和地下水源，甚至威脅生態平衡和人類身體健康，所以應當引起人們的足夠重視。化肥污染問題以氮肥最為突出。化肥對環境的污染表現在以下幾個方面： 1、破壞大氣臭氧層。氮肥施入土中，有一部分可能經過反硝化作用，形成了氮氣和氧化亞氮，從土壤中逸散出來，進入大氣。氧化亞氮到達臭氧層后，與臭氧發生作用，生產一氧化氮，使臭氧減少。由于臭氧層遭受破壞而不能阻止紫外線透過大氣層，強烈的紫外線照射對生物有極大地危害，如使人類皮膚癌患者增多等。
2、水體和地下水的富營養化。由于過量施用氮肥和磷肥，大量的氮、磷養分進入水體，可引起水體的富營養化，導致藻類等過量繁殖，藻類死亡后，遺體的分解使水體中的溶解氧大量被消耗，水體呈缺氧狀態，水質惡化，造成魚、蝦死亡等嚴重后果。
此外，由于土壤中硝態氮的向下淋失，也會造成地下水的富營養化，硝酸鹽含量達50毫克/升以上，大大超標。如果長期飲用這種超標的地下水，也會危及人體健康。因為在特定的還原條件下，硝酸鹽轉化為亞硝酸鹽后，并可生成強致癌物質—亞硝胺，它對人類健康構成很大威脅。
應當指出，化肥對環境的污染是不合理施用化肥造成的，而不是化肥本身的罪過。我們不能因為化肥可能污染環境就不施用化肥，關鍵在于如何合理施用化肥
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