微量元素肥料施用有其特殊性，如果施用不當，不僅不能增產，甚至會使作物受到嚴重傷害。為提高肥效，減少傷害，施用時應注意如下事項： 1．控制用量、濃度，力求施用均勻 作物需要微量元素的數量很少，許多微量元素從缺乏到適量的濃度范圍很窄，因此，施用微量元素肥料要嚴格控制用量，防止濃度過大，施用必須注意均勻。也可將微量元素肥料拌混到有機肥料中施用。
2．針對土壤中微量元素狀況而施用 在不同類型，不同質地的土壤中，微量元素的有效性及含量不同，施用微量元素肥料的效果也不一樣。一般來說，北方的石灰性土壤鐵，鋅、錳、銅、硼的有效性低，易出現缺乏；而南方的酸性土壤鉬的有效性低。因此施用微肥時應針對土壤中微量元素狀況合理施用。
3．注毒各種作物對微量元素的反應選擇施用 各種作物對不同的微量元素有不同的反應，敏感程度不同，需要量也不同，施用效果有明顯差異，如玉米施鋅肥效果較好，油菜對硼敏感，禾本科作物對錳敏感，豆科作物對鉬、硼敏感。所以，要針對不同作物對不同微量元素的敏感程度和肥效，合理選擇和施用。
4．注毒改善土壤環境 土壤微量元素供應不足，往往是由于土壤環境條件的影響。十壤的酸堿性是影響微量元素有效性的首要閑素，其次還有土壤質地，土壤水分、土壤氧化還原狀況等因素。為徹底解決微量元素缺乏問題，在補充微量元素養分的同時，要注意改善土壤環境條件，如酸性十壤可通過施用有機肥料或施用適量石灰等措施調節土壤酸堿性，改善土壤微量元素營養狀況。
5．注毒與大量元素肥料、有機肥料配合施用只有在滿足了竹：物對大量元素氮、磷、鉀等需要的前提下，微量元素肥料才能表現出明顯的增產效果。有機肥料含有多種微量元素，作為維持土壤微量元素肥力的一個重要養分補給源，不可忽視。施用有機肥料，可調節土壤環境條件，達到提高微量元素有效性的日的。有機肥料勺無機微肥配合施用，應是今后農業生產中土壤微量元素養分管理的重要措施。
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